La Federación Colombiana de Fútbol de Salón cuenta con una estructura organizativa orientada a garantizar el adecuado funcionamiento administrativo, deportivo y disciplinario del fútbol de salón en el país.
Su estructura está conformada por órganos de dirección, administración, control y apoyo técnico, los cuales trabajan de manera coordinada para el desarrollo del deporte en Colombia.

La organización de la Federación se estructura de la siguiente manera:
Asamblea General
↓
Comité Ejecutivo
↓
Presidencia
↓
Dirección Administrativa
↓
Comisiones Técnicas y Disciplinarias
Además, la Federación trabaja en articulación permanente con las ligas departamentales afiliadas, quienes son responsables del desarrollo del deporte en sus respectivas regiones.
La Asamblea General es el máximo órgano de dirección de la Federación y está conformada por los representantes de las ligas afiliadas.
Entre sus funciones principales se encuentran:
El Comité Ejecutivo es el órgano encargado de la administración y dirección de la Federación.
Está integrado por:
Entre sus funciones se encuentran:
La Presidencia es la encargada de representar legalmente a la Federación y liderar la gestión institucional.
Entre sus responsabilidades se encuentran:
La Dirección Administrativa apoya la gestión operativa de la Federación y se encarga de:
La Comisión Técnica es responsable de los aspectos deportivos y del desarrollo del fútbol de salón.
Sus funciones incluyen:
La Comisión Disciplinaria es el órgano encargado de velar por el cumplimiento de las normas deportivas.
Entre sus funciones están:
Las ligas departamentales afiliadas son parte fundamental de la estructura de la Federación, ya que promueven y organizan el fútbol de salón en sus respectivos departamentos.
Estas ligas trabajan de manera coordinada con la Federación para fortalecer el desarrollo del deporte en todo el territorio nacional.